Clostridium difficile geassocieerde diarree (CDAD) ontstaat vooral in opvolging aan antibioticagebruik. Het ziektebeeld ontstaat wanneer de bacterie in het maagdarmkanaal gestimuleerd wordt om toxines te produceren, hetgeen gebeurt als de normale darmflora verstoord raakt, bijvoorbeeld door antibioticagebruik. Het ziektebeeld kan variëren van een milde diaree tot een ernstige colitis met pseudo-membranen die kunnen leiden tot een toxisch megacolon.
Bij kinderen jonger dan 2 jaar is het niet zinvol om te testen op Clostridium difficile gezien de hoge frequentie van asymptomatisch dragerschap.